CORE FACILITY CELLULAR IMAGING
CEITEC Masaryk University
Kamenice 753/5
625 00 Brno CZ
cellim_support(at)ceitec.muni.cz
+420 54949 7085
+420 54949 6133
@Ceitec_CellimCF
Pracovní stanice pro analýzu obrazu
Description
Pracovní stanice Galibier s plnou verzí analytického softwaru IMARIS 9.6, ZEN Blue, Zen Black, FIJI-ImageJ a Cell Profiler.
Parametry PC: Intel Xeon Gold 6134 - 8 cores, 3.2 GHz, 192 GB RAM, SSD disk, GPU Nvidia Quadro P6000 24GB - 3840 CUDA cores.
Software description | |
IMARIS 10 Single full license | |
| Measurement Pro | Tento modul je určen k měření kvantitativních parametrů, jako je například vzdálenost nebo úhly mezi segmentovanými 3D objekty. |
| Imaris Coloc | Tento modul je určen ke kolokalizační analýze, dokáže kvantifikovat částečné překrývaní signálů mezi dvěma kanály. Modul rovněž nabízí statistické parametry jako Manderův či Pearsonův koeficient. |
| Filament Tracer | Tento modul je určen k identifikaci filamentových struktur jako např. neuronů, dendritů či mikrotubulů. Tento modul poskytuje rovněž specializovanou statistickou analýzu určenou pro neurovědce (jedná se o parametry jako je počet neuronových segmentů, plocha dendritů, počet dendritových větví, délka páteře, objem páteře..) |
| Imaris Cell | Tento modul umožňuje segmentovat objem buňky, jádra (jader) a vezikulů. Výsledkem je segmentovaná buněčná struktura, která může být dále popsána několika statistickými parametry. |
| Imaris Track Lineage | Tento modul provádí automatické trakovaní 3D objektů. Následné zpracovávání umožňuje analýzu tvaru a pohybu objektů, včetně dělících se buněk. |
| Imaris XT | Tento modul umožňuje integraci nových algoritmů obrazové analýzy. Podporované jazyky jsou: MATLAB, Python a Java. |
| Imaris Vantage | Tento modul umožňuje vizualizaci kvantitativních parametrů ve formě vícedimenzionálních bodových grafů a provádění statistických analýz. |
| ImarisBatch | Tento modul umožňuje procesování mikroskopických dat v sérii, pomocí jednoho setu parametrů společného pro všechny obrázky či skupiny obrázků modul provádí automatické zpracovávání. |
| IMARIS File converter | kovertuje .czi nebo jine formaty do .ims formatu. |